因應校務發展，增設系、所空間需求，92年與台南市政府簽約，將台南市忠孝國中榮譽街舊校區納入本校發展空間。簽約後，充分利用既有設施，並進行校園綠化、美化及藝術化等改善工作，使原有校舍煥然一新，提供師生較佳之教學環境，以符合具大學水平之校園。以環境與生態學院及理工學院為主的系、均設置在榮譽校區，目前進駐之學術單位有環境與生態學院的環境生態研究所、生態旅遊研究所、生物科技學系、環境與能源學系，理工學院的科技管理研究所、系統工程研究所、通訊工程研究所、資訊工程學系、電子工程學系，以及教育學院的測驗統計研究所，人文學院的戲劇創作與應用學系。榮譽校區除了有完善的公共設施，更有極佳的教學、研究設施，校區內提供一般教室、研討室、科學實驗室、多媒體製作室等教學場所；大、中、小型會議室，及具同步翻譯系統的國際會議廳供研討會、研習會使用；開放的多功能展演廳是學生展演、實習的舞台；實驗室裡的精密儀器設備、圖書館豐富的典藏，提供師、生優質的學習研究環境。